ŠU Moters studijų centras įkurtas universiteto Senato sprendimu 1997m. rugsėjo mėn. Pirmąja MSC direktore buvo doc. F. Ivanauskienė. Vėliau doc. dr. G. Čepaitienė, doc. dr. E. Akimova, doc.dr. S. V. Šidlauskienė, doc.dr. S.Karavajeva.

Centrui vadovauja vyresnioji mokslo darbuotoja socialinių mokslų daktarė Virginija Šidlauskienė. Centre tyrimus atlieka 5 etatiniai (2 iš jų - pagrindinės pareigos) mokslo darbuotojai.

2005-05-18 ŠU Senato nutarimu , Moters studijų centras buvo reorganizuotas į Lyčių studijų institutą (LSI).